पनीर में बहुत सारा प्रोटीन होता है, लेकिन जरूरत से ज्यादा खाने पर दस्त की समस्या हो सकती है फैट की मात्रा भी ज्यादा होती है, जिससे कोलेस्ट्रॉल बढ़ सकता है दिल की बीमारियों का खतरा भी बढ़ सकता है जिन लोगों को लैक्टोस इनटोलरेंस की समस्या है, उनके लिए पनीर एलर्जी का कारण बन सकता है इसका अधिक सेवन पाचन से जुड़ी समस्याएं पैदा कर सकता है, जैसे पेट फूलना और एसिडिटी अधिक पनीर खाने से वजन भी बढ़ सकता है, जो वजन घटाने की कोशिश कर रहे लोगों के लिए समस्या हो सकती है हाई बीपी के मरीजों के लिए पनीर का ज्यादा सेवन हानिकारक हो सकता है अगर पनीर का दूध पाश्चराइज नहीं है, तो बैक्टीरियल इनफेक्शन का खतरा बढ़ जाता है पनीर खाने से शरीर में अतिरिक्त कैल्शियम की भी समस्या हो सकती है इसलिए, पनीर का सेवन संतुलित मात्रा में करना ही बेहतर है